# Séquençage génétique

> Détermination de l'ordre exact des nucléotides du génome d'un virus. Permet d'identifier les variants, retracer les chaînes de transmission et comparer les souches.

Source canonique : https://hantatracker.fr/glossary/sequencage-genetique/

**Alias** : séquençage du génome, séquençage génomique, whole-genome sequencing, WGS, next-generation sequencing, NGS, séquençage Sanger

Le **séquençage génétique** détermine l'ordre exact des nucléotides — A, T (ou U pour l'ARN), G et C — qui composent le génome d'un virus. Pour les hantavirus, c'est le séquençage qui permet de **distinguer** une souche d'une autre, de **comparer** les virus prélevés chez différents patients, et de **détecter** d'éventuelles mutations associées à un changement de comportement viral. Le cluster du [MV Hondius](/glossary/mv-hondius/) a été séquencé pour la première fois le 5 mai 2026 par le Centre national de référence suisse.

## Principe technique

### Du génome aux séquences

Tous les virus à ARN, dont le [virus Andes](/glossary/virus-andes/), portent leur information génétique dans un ou plusieurs brins d'ARN. Pour les hantavirus, le génome est **tri-segmenté** :
- **Segment S** (≈ 1,8 kb) — code la nucléoprotéine,
- **Segment M** (≈ 3,6 kb) — code les glycoprotéines d'enveloppe Gn et Gc,
- **Segment L** (≈ 6,4 kb) — code l'ARN polymérase virale.

Le séquençage produit une chaîne de lettres représentant l'ordre exact de chaque nucléotide. La séquence complète d'un hantavirus contient environ 11,8 kilobases (kb).

### Technologies

Trois grandes familles cohabitent :
- **Sanger** : technologie historique (1977), précise mais lente. Encore utilisée pour vérifier des fragments courts.
- **Illumina (NGS short-read)** : haut débit, courtes lectures (~150 nt), nécessite une assemblage bio-informatique.
- **Oxford Nanopore (NGS long-read)** : lectures longues (plusieurs kb), portable, idéal pour le terrain et la surveillance en temps réel.

Pour les hantavirus, les laboratoires de référence combinent généralement Illumina (précision) et Nanopore (rapidité). Le délai entre l'extraction d'ARN et une séquence complète est de 24 à 72 heures sur les plateformes modernes.

## Application au cluster MV Hondius

### Première séquence — 5 mai 2026

Le Centre national de référence suisse des infections virales émergentes (**NRZ Emerging Viruses**, Hôpitaux universitaires de Genève + Institut de virologie médicale de l'Université de Zurich) a publié la première analyse phylogénétique de séquences du virus Andes prélevées dans le cluster MV Hondius, sur la plateforme Virological.org, le 5 mai 2026.

Les conclusions principales :
- la souche est **génétiquement très proche** de l'épidémie d'Epuyén (Argentine, 2018-2019) ;
- **aucune mutation inhabituelle** n'a été documentée, notamment dans les gènes des glycoprotéines d'enveloppe (segment M) impliquées dans la transmissibilité ;
- l'analyse porte sur les premiers prélèvements ; un séquençage exhaustif de tous les cas est en cours.

### Hypothèse variant — 12 mai 2026

Le 12 mai 2026 à 17h54, le Pr Xavier Lescure (infectiologue Bichat AP-HP) a évoqué en conférence de presse l'hypothèse précautionniste qu'un possible « variant qui aurait muté » expliquerait la sévérité des formes observées dans le cluster. Cette hypothèse n'est pas confirmée par les données suisses du 5 mai, qui montrent au contraire une grande proximité génétique avec les souches argentines connues. Le séquençage complet de l'ensemble des cas est attendu pour trancher.

## Surveillance moléculaire

### Phylogénie

Les séquences publiées sont déposées dans des banques publiques (**GenBank**, NCBI) et analysées avec des outils comme **Nextstrain** qui construisent l'arbre phylogénétique du virus. Ces arbres permettent de visualiser quelles souches sont apparentées, à quelle date elles ont divergé, et donc de retracer les chaînes de transmission.

### Détection de variants

Les modifications nucléotidiques (mutations) sont fréquentes chez les virus à ARN, et la plupart sont silencieuses ou neutres. Une attention particulière est portée aux mutations dans :
- les **glycoprotéines d'enveloppe** (segment M) : transmissibilité et reconnaissance immunitaire,
- la **polymérase** (segment L) : résistance aux antiviraux,
- la **nucléoprotéine** (segment S) : antigène majeur, cible des tests sérologiques.

## Pour aller plus loin

Le séquençage complet d'un cluster permet aussi de **dater** approximativement l'introduction du virus dans une population (horloge moléculaire), d'estimer la **diversité** virale au sein du cluster, et de comparer la souche identifiée à toutes les souches connues à l'échelle mondiale via GenBank. Pour les hantavirus, c'est le seul moyen de distinguer formellement une transmission intra-cluster d'une introduction multiple à partir de réservoirs animaux.