Site non officiel — données consolidées depuis des sources publiques (Santé publique France, ministère de la Santé, OMS, ECDC, presse vérifiée). Voir les sources.

Glossaire · Diagnostic

Séquençage génétique

Détermination de l'ordre exact des nucléotides du génome d'un virus. Permet d'identifier les variants, retracer les chaînes de transmission et comparer les souches.

Aussi appelé : séquençage du génome, séquençage génomique, whole-genome sequencing, WGS, next-generation sequencing, NGS, séquençage Sanger Diagnostic

Le séquençage génétique détermine l'ordre exact des nucléotides — A, T (ou U pour l'ARN), G et C — qui composent le génome d'un virus. Pour les hantavirus, c'est le séquençage qui permet de distinguer une souche d'une autre, de comparer les virus prélevés chez différents patients, et de détecter d'éventuelles mutations associées à un changement de comportement viral. Le cluster du MV Hondius a été séquencé pour la première fois le 5 mai 2026 par le Centre national de référence suisse.

Principe technique

Du génome aux séquences

Tous les virus à ARN, dont le virus Andes, portent leur information génétique dans un ou plusieurs brins d'ARN. Pour les hantavirus, le génome est tri-segmenté :

  • Segment S (≈ 1,8 kb) — code la nucléoprotéine,
  • Segment M (≈ 3,6 kb) — code les glycoprotéines d'enveloppe Gn et Gc,
  • Segment L (≈ 6,4 kb) — code l'ARN polymérase virale.

Le séquençage produit une chaîne de lettres représentant l'ordre exact de chaque nucléotide. La séquence complète d'un hantavirus contient environ 11,8 kilobases (kb).

Technologies

Trois grandes familles cohabitent :

  • Sanger : technologie historique (1977), précise mais lente. Encore utilisée pour vérifier des fragments courts.
  • Illumina (NGS short-read) : haut débit, courtes lectures (~150 nt), nécessite une assemblage bio-informatique.
  • Oxford Nanopore (NGS long-read) : lectures longues (plusieurs kb), portable, idéal pour le terrain et la surveillance en temps réel.

Pour les hantavirus, les laboratoires de référence combinent généralement Illumina (précision) et Nanopore (rapidité). Le délai entre l'extraction d'ARN et une séquence complète est de 24 à 72 heures sur les plateformes modernes.

Application au cluster MV Hondius

Première séquence — 5 mai 2026

Le Centre national de référence suisse des infections virales émergentes (NRZ Emerging Viruses, Hôpitaux universitaires de Genève + Institut de virologie médicale de l'Université de Zurich) a publié la première analyse phylogénétique de séquences du virus Andes prélevées dans le cluster MV Hondius, sur la plateforme Virological.org, le 5 mai 2026.

Les conclusions principales :

  • la souche est génétiquement très proche de l'épidémie d'Epuyén (Argentine, 2018-2019) ;
  • aucune mutation inhabituelle n'a été documentée, notamment dans les gènes des glycoprotéines d'enveloppe (segment M) impliquées dans la transmissibilité ;
  • l'analyse porte sur les premiers prélèvements ; un séquençage exhaustif de tous les cas est en cours.

Hypothèse variant — 12 mai 2026

Le 12 mai 2026 à 17h54, le Pr Xavier Lescure (infectiologue Bichat AP-HP) a évoqué en conférence de presse l'hypothèse précautionniste qu'un possible « variant qui aurait muté » expliquerait la sévérité des formes observées dans le cluster. Cette hypothèse n'est pas confirmée par les données suisses du 5 mai, qui montrent au contraire une grande proximité génétique avec les souches argentines connues. Le séquençage complet de l'ensemble des cas est attendu pour trancher.

Surveillance moléculaire

Phylogénie

Les séquences publiées sont déposées dans des banques publiques (GenBank, NCBI) et analysées avec des outils comme Nextstrain qui construisent l'arbre phylogénétique du virus. Ces arbres permettent de visualiser quelles souches sont apparentées, à quelle date elles ont divergé, et donc de retracer les chaînes de transmission.

Détection de variants

Les modifications nucléotidiques (mutations) sont fréquentes chez les virus à ARN, et la plupart sont silencieuses ou neutres. Une attention particulière est portée aux mutations dans :

  • les glycoprotéines d'enveloppe (segment M) : transmissibilité et reconnaissance immunitaire,
  • la polymérase (segment L) : résistance aux antiviraux,
  • la nucléoprotéine (segment S) : antigène majeur, cible des tests sérologiques.

Pour aller plus loin

Le séquençage complet d'un cluster permet aussi de dater approximativement l'introduction du virus dans une population (horloge moléculaire), d'estimer la diversité virale au sein du cluster, et de comparer la souche identifiée à toutes les souches connues à l'échelle mondiale via GenBank. Pour les hantavirus, c'est le seul moyen de distinguer formellement une transmission intra-cluster d'une introduction multiple à partir de réservoirs animaux.

Chiffres clés

Normes et références

Questions fréquentes

Pourquoi séquencer un virus ?

Le séquençage permet de répondre à trois questions clés : identifier précisément l'espèce et la souche virale (au-delà de ce que dit la PCR), comparer les virus prélevés chez différents patients pour reconstruire les chaînes de transmission, et détecter d'éventuelles mutations associées à un changement de transmissibilité, de virulence ou de résistance aux traitements. C'est l'outil de référence pour la surveillance moléculaire des épidémies.

Quel est le délai pour un séquençage complet ?

Avec les plateformes modernes (Illumina, Oxford Nanopore), un séquençage complet d'un petit génome viral comme celui de l'hantavirus (~12 kb) peut être obtenu en 24 à 72 heures à partir de l'échantillon. Le délai inclut l'extraction d'ARN viral, l'amplification ciblée, la préparation de la librairie de séquençage, le run NGS et l'analyse bio-informatique. Pour le cluster MV Hondius, la première séquence complète a été publiée le 5 mai 2026, soit environ 48 heures après les premières PCR positives du 3 mai.

Que sait-on de la séquence du virus Andes du MV Hondius ?

Le séquençage publié le 5 mai 2026 par le Centre national de référence suisse des infections virales émergentes (NRZ, Genève + Zurich) montre que la souche MV Hondius est génétiquement très proche de la souche de l'épidémie d'Epuyén (Argentine, 2018-2019). Aucune mutation inhabituelle n'a été documentée à ce stade. Le 12 mai 2026, le Pr Xavier Lescure (Bichat) a évoqué l'hypothèse précautionniste d'un possible variant, en attendant un séquençage complet de tous les cas — cette hypothèse n'est pas confirmée par les données suisses du 5 mai.

Quelle différence entre séquençage et PCR ?

La PCR détecte la présence d'un fragment d'ARN ou d'ADN viral cible : elle répond à « le virus est-il là ? ». Le séquençage détermine la séquence exacte du génome viral : il répond à « quel virus, exactement ? ». La PCR est rapide (quelques heures), peu coûteuse, et c'est l'outil de diagnostic en première ligne. Le séquençage est plus long et plus coûteux, mais il apporte une information beaucoup plus riche, indispensable pour la surveillance moléculaire et l'épidémiologie.

Pour aller plus loin