Le virus Andes est l'agent infectieux à l'origine de l'épisode du MV Hondius. Cette page approfondit ce que le glossaire ne fait que résumer : sa phylogénie, sa distribution géographique, ses modes de transmission (humain → humain inclus), sa comparaison avec les autres hantavirus américains et eurasiens, et les résultats du séquençage effectué par l'Institut Pasteur sur la souche du MV Hondius en mai 2026.
Nomenclature et classification
Le nom officiel de l'espèce dans la taxonomie ICTV 2024 (International Committee on Taxonomy of Viruses) est Orthohantavirus andesense. C'est l'une des 38 espèces que compte le genre Orthohantavirus (famille Hantaviridae, ordre Bunyavirales). Le nom commun « virus Andes » (ANDV pour Andes virus) reste largement utilisé dans la littérature clinique et la communication officielle.
L'espèce regroupe plusieurs souches géographiques qui partagent ≥ 7 % de divergence de séquences mais restent considérées comme appartenant à la même unité taxonomique : Andes-Cent, Andes-Lec, Andes-Or, Andes-Sout, Andes-Bermejo. Les divergences observées entre ces souches sont inférieures à celles qui séparent le virus Andes du virus Sin Nombre nord-américain.
Réservoir naturel
Le virus Andes a un réservoir exclusif : le colilargo (Oligoryzomys longicaudatus), petit rongeur de la sous-famille Sigmodontinae endémique de la cordillère des Andes, du nord du Chili (région d'Atacama) à la pointe sud de la Patagonie (Terre de Feu). Le colilargo héberge le virus de manière chronique et asymptomatique : il l'excrète toute sa vie dans son urine, ses fèces et sa salive sans en souffrir.
Cette spécificité d'hôte est typique des hantavirus : on parle de co-évolution virus-réservoir sur plusieurs millions d'années. Chaque espèce d'hantavirus est associée à un rongeur réservoir distinct, et c'est cette association qui détermine la distribution géographique humaine de la maladie. Là où vit le colilargo, on peut potentiellement rencontrer le virus Andes. Hors de cet habitat (Patagonie argentine et chilienne), la circulation autochtone du virus n'a jamais été documentée.
Pour la fiche détaillée du rongeur, voir l'article « Quel rongeur porte l'hantavirus ? Le colilargo, réservoir du virus Andes ».
Distribution géographique humaine
Le virus Andes est responsable de l'essentiel des cas de syndrome pulmonaire à hantavirus (SPH) en Amérique du Sud, principalement dans deux zones :
- Sud de l'Argentine : régions de Buenos Aires, Río Negro, Neuquén, Chubut, Santa Cruz, Terre de Feu. L'épidémie d'Epuyén (Chubut, fin 2018 — mi-2019) reste l'épisode épidémiologique majeur, avec 28 cas et 11 décès officiellement attribués au cluster (NEJM 2020).
- Sud du Chili : régions d'Aysén, de Magallanes et de Los Lagos. Cas sporadiques annuels.
L'incidence annuelle des cas humains reste faible rapportée à la population (moins de 100 cas confirmés par an pour l'ensemble Argentine + Chili), mais la mortalité élevée (~ 40 %) en fait l'un des pathogènes émergents les plus surveillés du continent.
Transmission
Transmission animal → humain (mécanisme principal)
Comme pour tous les hantavirus, la voie principale est l'inhalation d'aérosols contaminés par des déjections de rongeurs. Le scénario typique : un humain perturbe (balayage à sec, aspiration, manipulation) un espace fermé fréquenté par des colilargos — cabane forestière, grenier, dépendance agricole — et inhale des particules virales en suspension.
D'autres voies sont possibles mais marginales : morsure de rongeur, contact direct avec une muqueuse, ingestion d'aliments contaminés par des déjections fraîches.
Transmission inter-humaine (spécifique au virus Andes)
Le virus Andes est le seul hantavirus pour lequel une transmission inter-humaine est documentée par une étude épidémiologique formelle. La référence académique est l'article publié dans le New England Journal of Medicine en décembre 2020 sur l'épidémie d'Epuyén 2018-2019 (Martínez-Valdebenito et al.) :
- Le cluster d'Epuyén a affecté 28 personnes, dont 11 décès.
- Les chercheurs ont reconstitué la chaîne de transmission par séquençage : la quasi-totalité des cas portaient des séquences virales identiques au cas index.
- Le nombre de reproduction R, initialement estimé à 2,12, est tombé à 0,96 après la mise en place de mesures de quarantaine — preuve que la chaîne dépendait bien de la transmission inter-humaine et que l'isolement la coupait.
- Une fraction importante de la transmission semble due à des « superspreader events » : événements sociaux confinés (mariages, réunions familiales, soirées) où une personne en phase symptomatique précoce a contaminé plusieurs proches simultanément.
Caractéristiques de la transmission inter-humaine
- Nécessite un contact étroit et prolongé avec une personne symptomatique : même foyer, soins directs sans EPI, espaces confinés partagés (avion, bus, voiture).
- Ne se transmet pas pendant la phase asymptomatique d'incubation.
- Pas de transmission aérienne large à la manière de la rougeole, de la grippe ou de la COVID-19 : la portée reste métrique, non métrique.
- Représente 2 à 5 % de l'ensemble des cas observés pour le virus Andes selon les estimations CDC / NEJM.
Le cluster MV Hondius 2026
L'épisode du MV Hondius constitue le premier cluster documenté à bord d'un navire en haute mer pour le virus Andes. La transmission inter-humaine y est suspectée dès le 7 mai 2026 par l'OMS, sur la base de :
- L'incompatibilité de l'hypothèse d'exposition initiale collective (pas de colilargos à bord d'un navire d'expédition polaire).
- La concomitance des cas, avec un décalage d'incubation cohérent avec un événement de transmission unique au moment du débarquement d'Ushuaia (1ᵉʳ avril 2026).
- Le profil épidémiologique (149 personnes confinées pendant 40 jours).
Séquençage Institut Pasteur, 15-16 mai 2026
L'Institut Pasteur a achevé le séquençage complet de la souche détectée chez la patiente française du MV Hondius (admise à Bichat, sous ECMO). Les résultats, annoncés par Stéphanie Rist le 15 mai 2026 et publiés par France Info le 16 mai à 00 h 04 :
« Aucun élément ne laisse penser à l'apparition d'un variant susceptible d'être plus transmissible ou plus dangereux. »
— Stéphanie Rist, ministre de la Santé, 15 mai 2026
L'Institut Pasteur précise dans un communiqué séparé :
« Aucun élément ne suggère à ce stade l'émergence d'un variant particulier présentant des caractéristiques nouvelles. »
La séquence est très proche de celles des autres passagers infectés et des souches Andes connues circulant dans le sud de l'Amérique latine, ce qui résout par la négative l'hypothèse d'un variant émergent soulevée par l'infectiologue Xavier Lescure (Bichat) le 12 mai. La discussion autour de la circulation virale dans le cluster reste donc cadrée par le profil classique du virus Andes.
Comparaison avec les autres hantavirus américains
| Virus Andes | Virus Sin Nombre | Virus Bayou | |
|---|---|---|---|
| Espèce ICTV | O. andesense | O. sinnombreense | O. bayoui |
| Réservoir | Colilargo (O. longicaudatus) | Souris sylvestre (P. maniculatus) | Rat des marais (O. palustris) |
| Géographie humaine | Patagonie (AR, CL) | Sud-Ouest USA, Canada | Sud-Est USA |
| Syndrome principal | SPH | SPH | SPH (rare) |
| Létalité moyenne | ~ 40 % | 30-35 % | 30-40 % |
| Transmission inter-humaine | Oui, documentée | Non | Non |
| Cluster en haute mer | Oui (MV Hondius 2026) | Non | Non |
Pour un panorama complet incluant aussi les souches eurasiennes (Hantaan, Seoul, Puumala, Dobrava-Belgrade), voir l'article « Les autres souches d'hantavirus dans le monde ».
Incubation, clinique, traitement
La période d'incubation du virus Andes est de 7 à 42 jours, médiane 18 à 24 jours — c'est la plus longue fourchette observée pour un hantavirus humain. Cette caractéristique explique pourquoi les autorités sanitaires maintiennent un suivi médical des passagers et contacts du MV Hondius pendant 42 jours à compter de leur dernière exposition possible.
Le tableau clinique du SPH suit une progression caractéristique :
- Phase prodromique (3-5 jours) : fièvre, frissons, courbatures, asthénie, maux de tête. Indiscernable d'une grippe à ce stade.
- Phase cardiopulmonaire (24-48 heures) : œdème pulmonaire lésionnel massif (extravasation plasmatique dans les alvéoles), choc cardiogénique. Détresse respiratoire aiguë justifiant l'admission en réanimation.
- Phase de récupération ou décès : la phase cardiopulmonaire détermine le pronostic. La mortalité culmine entre les jours 4 et 10 après l'apparition des symptômes.
Aucun antiviral spécifique n'est homologué contre le virus Andes. La prise en charge est exclusivement symptomatique : intubation, ventilation mécanique, support hémodynamique, et dans les formes les plus sévères, oxygénation par membrane extra-corporelle (ECMO). Le diagnostic précoce (PCR sur sang ou sécrétions respiratoires) et l'admission rapide en réanimation sont les principaux facteurs pronostiques.
Pour aller plus loin
- Glossaire — fiche Virus Andes : définition courte, statistiques sourcées, FAQ.
- Article — Quel rongeur porte l'hantavirus ? : focus sur le colilargo.
- Article — La décharge d'Ushuaia, hypothèse du cas index ? : débat sur l'origine du cluster MV Hondius.
- Article — Symptômes et traitement de l'hantavirus : phases cliniques en détail.
- Article — Les autres souches d'hantavirus dans le monde : panorama global Old World vs New World.